PIENAP leży w północnej Słowacji, przy granicy z Polską. Swoim zasięgiem obejmuje on położoną na Słowacji Grupę Golicy (Pieniny Właściwe) oraz południowe stoki Małych Pienin, od Przełomu Dunajca po szczyt Wierchliczka.
Granicę od strony południowej wyznaczają: górny bieg potoku Kamienka oraz na całej swojej długości potok Lipnik. Najwyższym punktem PIENAP-u jest szczyt Wysokiej (1050 m n.p.m.), a najniższy znajduje się w dolinie Dunajca, na obszarze wsi Leśnica (429 m n.p.m.), w pobliżu granicy państwa.
W 1924 roku przedstawiciele Polski oraz Czechosłowacji podpisali tzw. „Protokół Krakowski”, w celu objęcia ochroną słowackiej części Pienin. Dotyczył on m.in. utworzenia pogranicznych parków narodowych oraz podjęcia się rozwiązania problemów turystyki i komunikacji na terenie Pienin. W 1932 roku, 9 lipca, czechosłowacki minister rolnictwa podpisał rozporządzenie tworzące z dniem 12 lipca 1932 roku „Słowacki Rezerwat Przyrodniczy w Pieninach” o powierzchni 423 ha. Uroczysta proklamacja utworzenia tego rezerwatu odbyła się 17 lipca 1932 na terenie przed Czerwonym Klasztorem. Równocześnie ogłoszono utworzenie pierwszego w Europie Międzynarodowego Parku Przyrody. Dla usprawnienia współpracy międzynarodowej powołano Komisję Parku Narodowego (Polska) oraz Komisję Słowackiego Rezerwatu (Czechosłowacja), które w roku 1934 wspólnie ustaliły warunki dalszej współpracy międzynarodowej. W okresie od 27 listopada 1938 do 1 września 1939 (w związku z przyłączeniem w granicę Polski wsi Leśnica) obszar Słowackiego Rezerwatu był administrowany przez polski Pieniński Park Narodowy.
Słowacki Rezerwat Przyrodniczy utworzono ponownie, po II wojnie światowej, rozporządzeniem Ministerstwa Rolnictwa i Leśnictwa z dnia 13 grudnia 1957 roku. Nosił on wówczas nazwę Pieniński Rezerwat Przyrodniczy, a administracyjnie podporządkowany był Tatrzańskiemu Parkowi Narodowemu (TANAP-owi). Pierwszy projekt utworzenia Pienińskiego Parku Narodowego (PIENAP-u) przedstawiono w 1958 r.
Rozporządzeniem Słowackiej Rady Narodowej z dnia 16 stycznia 1967 powołano do życia Pieniński Park Narodowy. Miał on powierzchnię 2125 ha, a jego otulina 52 000 ha. Obejmował on dawny rezerwat „Pieniny - Przełom Dunajca” oraz chronione przyrodnicze obiekty „Haligowskie Skały” i „Przełom Leśnickiego Potoku - Kacze” oraz ich otoczenie. Pozostał on jednak w strukturach TANAP-u przez następne 29 lat, aż do 1996, kiedy zaczął funkcjonować jako samodzielny park narodowy. W 1997 roku powierzchnia PIENAP-u została powiększona do 3749 ha, a powierzchnia otuliny zmniejszona do 22 444 ha.